Taksonomi ve filogeni (canlıların birbirine nasıl bağlandığı, kategorilere ayrıldığı ve adlandırıldığı yollar) sonuç olarak kökeni sorgulamaktadır: kim kim kimin babasıydı ve başlangıçta begetter doğan vb. Bazında, yavaş yavaş değişen koşullara kademeli adaptasyonlar içeren oldukça basittir. Bazen koşullardaki çarpıcı değişiklikler, ani ve önemli evrimsel değişime neden olur gibi görünüyor. Bazen, tesadüfi bir olay, evrimsel havuzda büyük bir sıçrama yapar. Ökaryotların kökeni, farklı organizmaların birlikte yaşadığı endozimbiosis şeklinde büyük bir sıçrama içeriyordu gibi görünüyor.
Mitokondriyum, glikoz gibi karbon kaynaklarından enerji verimli bir şekilde çıkarmak için oksijeni- tüketir, süreçte karbondioksit ve su üretiyor. Işıktan enerjiyi yakalar ve glikozun kimyasal enerjisine yönlendirirken süreçte oksijeni serbest bırakan kloroplast su ve karbon dioksit
- 'u tüketir.
İlk hücumlarının nedeni ne olursa olsun, bu prokaryotlar yakında müteşekkir bir müdür için mahkum olabilir. Tutuklu prokaryotlar önemli besin maddelerini (ilkel kloroplast durumunda) sağlamış olabilirler ya da enerji ayıklamak için oksijenden yararlanmaya yardımcı olabilirler (ilkel mitokondrion durumunda). Prokaryotlar, aynı zamanda, korunmanın ve yaşanacak istikrarlı bir çevreyi almış olmalıydı.
Hemen hemen tüm ökaryotlarda bazı çeşit mitokondri varlığına karşın, sadece fotosentetik ökaryotlarda kloroplastlar olduğu için, endosimbiyozun iki kez seri halinde oluştuğu öne sürülmüştür. İlk olarak, aerobik (oksijen kullanan) heterotrofik prokaryot, daha büyük bir konukçu hücre tarafından alındı.Zamanla, prokaryot ev sahibi ile birlikte evrimleşerek sonunda mitokondrion gibi bir şey haline geldi. Daha sonra, bir fotosentetik prokaryot mitokondrid içeren bir hücre tarafından alındı. Ökaryot kökenli bu model, seri endozimbioz olarak adlandırılır.
